养分协调效应
微生物肥料主要依靠微生物新陈代谢活动发挥肥效，具有有机肥的长效性和化肥的速效特性，对蔬菜作物营养供应平稳且全面。由于氮素营养来源于生物固氮，而且固氮活性受植物对氮元素营养需要生理习性的调控，只要作物不断对氮素营养需要，在满足固氮微生物所需要的固氮条件的基础上，氮素营养就会得到保证。磷、钾等元素依靠微生物对难溶性磷、钾的逐步缓慢分解为有效成分被蔬菜作物渐渐吸收。合理施用微生物肥料，如根瘤菌类肥、固氮菌类肥、解磷菌类肥、解钾菌类肥及几种菌类的复合肥，有助于土壤中营养元素肥效的提高，减少化肥施用量。生物有机肥
提高化肥利用率的作用。
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥与化肥配合施用，既能保证增产，又减少化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
改良土壤作用。
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液，矿物胶体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
微生物肥料提供对作物生长有益的微生物，通过其分解、转化等作用，土壤中有很多种养分才能被作物吸收利用。有益微生物含量少的土地，农作物必需的营养元素就不能被很好吸收和利用。有针对性地使用微生物菌肥料，就像我们发馒头需要用"老面"、做泡菜需要用"老盐水"一样，可以显著地提高土壤肥力，增加植物养分的供应量，促进植物生长，还能长效地修复和保护地力，让土壤有"后劲"。
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