随着我国禽畜养殖的规模化，禽畜粪便作为有机肥资源越来越丰富。合理的施用有机肥，不仅能有效的解决养殖业造成的环境污染问题，而且对解决我国化肥不足和提高农产品品质具有极其重要的作用。在实际生产中，有机无机肥料配合施用，一方面能促进有机肥料的矿化，另一方面能减少化学肥料的淋失、固定，提高无机肥的有效性，同时，对防止微量元素不足、改善土壤性状也有较大作用。
有机肥与化学氮肥存在相互作用。一方面，化学氮能促进有机氮的矿化，提高有机肥料氮的有效性；另一方面，有机肥可促进化学氮肥的生物固定，减少无机氮的硝化与反硝化作用，从而减少无机氮的损失，延长化学氮肥的供肥性能。
生物有机肥对无机磷肥效果有良好影响。有机肥能为植物提供磷营养，土壤中含磷的有机化合能被酶分解释放无机磷而被植物吸收；有机肥能活化土壤中的磷，有机肥在腐解过程中产生有机酸促使土壤中磷的活化；有机肥能减少磷肥在土壤中的固定，有机肥的腐解产物——碳水化合物和纤维素能掩蔽黏土矿物上的吸附位，从而减少磷肥的固定，提高其有效性。
有机肥中钾的有效性高，植物能吸收利用，因此在钾源不足的情况下，有机肥可以代替化学钾肥。
有机肥中含有各种微量元素，它们可与与螯合剂形成螯合物而提高其有效性。枯草芽孢杆菌
有机肥能土壤物理性状，促进微团粒结构的形成，提高土壤肥力。
总之，广泛的普及有关有机肥的知识，积极推广合理施用有机肥，对推动我国农业科学化发展有十分重要的意义。
